Незадолго до обретения мощей, в 1989 году, Русская Православная Церковь канонизировала патриарха Тихона и причислила его к лику святых. Также среди главных святынь Малого собора — чтимые иконы Божией Матери «Феодоровская» и «Знамение», с ними соседствует список Донского образа Пресвятой Богородицы, украшенный особой сенью. В часовне-усыпальнице Левченко (начало XX века, архитектор И. Клейн) сохранилась мозаичная икона святителя Николая, а у стен Малого собора — могила мученика Якова Полозова, келейника святителя Тихона.